Commessa: MD.P01.008.001 – Struttura e dinamica di proteine
Personale: Giuliano Colombetti, Roberto Marangoni

Descrizione
In questa linea di ricerca vengono studiate le risposte di alcuni organismi modello a stress ambientali di natura fisica e chimica derivanti da cambiamenti climatici globali. Ciliati estremofili di varia natura sono esposti a livelli di radiazione UV superiori a quella naturale, nel tentativo di chiarire i meccanismi molecolari dell’attivazione dei geni coinvolti nella risposta con tecniche di proteomica e metabolomica. 

Tecniche principali
2D-PAGE gel
Spettrometria di massa
De novo sequencing
1D-NMR
2D-TOCSY-NMR

Attività in corso
E’ stato determinato il pattern di espressione di geni hsp70 nel ciliato psicrofilo antartico Euplotes focardii. Sono stati identificati tramite NMR in vivo gli osmoliti primari UV-indotti nel ciliato ipersalino Fabrea salina. In questi ciliati estremofili saranno esplorate le risposte metaboliche a medio termine in seguito a irraggiamento. Allo stesso tempo, proseguirà l’approccio proteomico, cercando di superare le difficoltà indotte dall’estrema peculiarità delle proteine in esame. Si seguirà un protocollo basato su ultra-HPLC-ESI-MS/MS invece del precedente protocollo 2D-PAGE-MALDI-MS/MS.

Keywords: Radiazione UV, stress ossidativo, spettrometria di massa, Fabrea salina, Euplotes focardii, NMR mono- e bi-dimensionale in vivo